مدل سازی مبتنی بر شبکه ی پتری مسیر زیستی کم اکسیژنی (هیپوکسی)

پایان نامه
چکیده

سیستم های بیولوژی زمینه تحقیق جدیدی است که بر درک سیستمی از فرآیندهای زیستی برمبنای ارتباط بین علوم مهندسی، ریاضی و زیست شناسی تمرکز دارد. علی رغم پیچیدگی بیشتر این سیستم ها در مقایسه با سیستم های مهندسی، جهت گیری سیستمی در زیست شناسی راه ورود علم کنترل در مطالعه پدیده های زیستی را هموار نموده است. بدین ترتیب مهندسی کنترل با ابزارهایی هم چون شناسایی، مدل سازی، طراحی و آنالیز می تواند راه گشای برخی از مسائل در سیستم های بیولوژی باشد. به منظور شناسایی دینامیک سیستم و پیش بینی رفتار آن در شرایطی غیر از شرایط آزمایش می توان از مدل سازی استفاده کرد. مدل یک پدیده زیستی در واقع نقشه ساده شده ای از مکانیزم های رفتاری آن است و علاوه بر شناسایی سیستم در بررسی بسیاری از فرضیه های موجود درمورد سیستم های بیولوژی که هنوز مورد مطالعه آزمایشگاهی قرار نگرفته اند، کاربرد دارد. مدل سازی ریاضی سیستم های زیستی به دو دسته کمّی و کیفی طبقه بندی می شود. نیاز مدل سازی کمّی به اطلاعات دقیق و جزئی از فرآیند که معمولا در دسترس نیست منجر به استفاده از روش های کیفی در مدل سازی شده است. یکی از روش های کیفی در مدل سازی برهم کنش های پیچیده زیستی، شبکه های پتری است که ابزار گرافیکی مناسبی برای مدل سازی این سیستم های پیچیده می باشد. هم چنین با به کارگیری شبکه های پتری توسعه یافته هم چون شبکه های پتری رنگی، زمانی، هیبرید و تصادفی می توان از اطلاعات کمّی نیز در این گونه مدل سازی ها بهره گرفت و مدلی دقیق و جامع از فرآیند زیستی ایجاد نمود. یکی از فرآیندهای زیستی که ممکن است به دلایل مختلف در بدن موجودات زنده رخ دهد فعال شدن مسیر زیستی هیپوکسی است. هیپوکسی شرایطی است که در آن اکسیژن رسانی به بافت های بدن موجود زنده کاهش می یابد و تداوم این شرایط منجر به بیماری های شریانی قلبی، سکته مغزی، بیماری های کلیوی، سرطان و بیماری های انسدادی ریوی می گردد. از این رو شناسایی و مدل سازی فرآیندهای سلولی در پاسخ به شرایط کم اکسیژنی حائز اهمیت می باشد. در این پایان نامه مسیر زیستی کم اکسیژنی (هیپوکسی) بررسی شده و با استفاده از شبکه ی پتری تصادفی مدل مناسبی برای آن پیشنهاد شده است. با مقایسه نتایج حاصل از مدل سازی و اطلاعات آزمایشگاهی موجود، مشاهده شد که مدل پیشنهادی به خوبی بیان کننده رفتار فرآیند زیستی است. با انجام آنالیز حساسیت روی مدل، واکنش های کلیدی در این مسیر بررسی و شناخته شدند، سپس با آنالیز نتایج حاصل از مدل، یکی از مکانیزم های کنترلی سلول در بیان برخی پروتئین های مهم در این مسیر و فرضیه وجود دارویی در کنترل فرآیندهای موثر بر پاسخ دهی به شرایط هیپوکسی ارائه شده است. مدل های کمّی دسته ی دیگری از روش های مدل سازی سیستم دینامیکی هستند که به منظور تخمین پارامتر و دیگر آنالیزهای ریاضی در سیستم های زیستی مورد استفاده قرار می گیرند. در این پایان نامه هم چنین مدلی کمّی براساس معادلات دیفرانسیل حاکم بر مسیر نیز ارائه شده است و نتایج حاصل از آن با مدل کیفی و داده های آزمایشگاهی مقایسه می گردد.

منابع مشابه

مدل سازی مبتنی بر شبکه های پتری مسیر انتقال سیگنال tgf-ß در سلول

مدل سازی و تحلیل سیستم های زیستی اهمیت بسیار زیادی دارد، چرا که مدل سازی این سیستم ها می تواند منجر به شناخت هر چه بیشتر آن ها شده و این شناخت می تواند راه پیشگیری و درمان بسیاری از بیماری ها را هموار کند. بخصوص در دو دهه اخیر دانش مهندسی و ریاضیات کاربردی به طور گسترده در مدل سازی و تحلیل سیستم های زیستی به کار گرفته شده است و تلاش در این راستا به طور چشمگیری همچنان ادامه دارد. از میان روش های...

15 صفحه اول

مدل سازی مدارهای الکتریکی توسط شبکه های پتری با استفاده از کمان های کنترلی افزوده شده

شبکه های پتری پیوسته با عناصر موجود در آن برای مدلسازی سیستم هایی که بر پایه تغییر شار یک متغیر می باشند کارایی دارند بنابراین تغییرات شار هر متغیری مانند جریان، آب، توان و ... را می توان به وسیله شبکه های پتری پیوسته مدل نمود، اما شبکه های پتری با عناصر موجود در آن پاسخگوی مدلسازی سیستم هایی که بر پایه تغییر دو یا چند متغیر می باشند (مانند مدارهای الکتریکی) نمی باشد. در این مقاله با ارائه ابزا...

متن کامل

بهینه سازی زمان سفربا ناوگان حمل ونقل عمومی شهری با استفاده از مدل سازی با شبکه های پتری

رشد سریع جمعیت و شهرنشینی در دهه های اخیر مسائل و مشکلات ترافیکی را در زندگی روزمره بشر پررنگ‌ترکرده است. یکی از مهمترین اهداف پژوهش در حوزه ترافیک ، بهینه سازی جریان حمل ونقل عمومی است. در این تحقیق با استفاده از یک مدل کنترلی از شبکه های پتری و با اولویت دادن به سیستم حمل ونقل ناوگان اتوبوسرانی شهری نسبت به دیگر خودروها، زمانهای چراغهای راهنمایی ورانندگی واقع در یک چهارراه به گونه‌ای تنظیم می...

متن کامل

مدل سازی شبکه ی متابولیکی میکروارگانیسم سودوموناس ائروجینوزا

در این مقاله یک شبکه‌ی متابولیکی، در بردارنده ‌ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی ‌هوازی ارایه شده است. به منظور تأیید دقت مدل، پیش بینی ‌های مدل با نتیجه ‌های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله ‌های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکرو...

متن کامل

مدل سازی مدارهای الکتریکی توسط شبکه های پتری با استفاده از کمان های کنترلی افزوده شده

شبکه های پتری پیوسته با عناصر موجود در آن برای مدلسازی سیستم هایی که بر پایه تغییر شار یک متغیر می باشند کارایی دارند بنابراین تغییرات شار هر متغیری مانند جریان، آب، توان و ... را می توان به وسیله شبکه های پتری پیوسته مدل نمود، اما شبکه های پتری با عناصر موجود در آن پاسخگوی مدلسازی سیستم هایی که بر پایه تغییر دو یا چند متغیر می باشند (مانند مدارهای الکتریکی) نمی باشد. در این مقاله با ارائه ابزا...

متن کامل

تشخیص خطا مبتنی بر مدل بر اساس مدل سازی پتری پیوسته

در این پروژه به بررسی تشخیص خطا مبتنی بر مدل می پردازیم. اساس کار با استفاده از مدلسازی پتری انجام می پذیرد. در این حال خروجی مدل را با خروجی سیستم مقایسه می کنیم و با تعیین مانده به تشخیص خطا می پردازیم. برای بدست آوردن تابع تبدیل سیستم از روش حداقل مربعات بازگشتی استفاده شده است. با بدست آوردن تابع تبدیل سیستم، تابع را دیجیتال می کنیم و مدل دیجیتال را توسط مدل پتری پیوسته پیاده سازی می کنیم. ...

15 صفحه اول

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده برق و کامپیوتر

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023